Come tutti i nuovi movimenti religiosi nati nella Chiesa durante i secoli (basti pensare ai Francescani), anche i Barnabiti, alle loro origini, crearono qualche problema, perché mettevano in crisi, con il loro fervore, l’ordine costituito. Dovettero subire, ancora vivo il Fondatore, due processi: venivano accusati di appartenere a gruppi ereticali già condannati dalla Chiesa. Ma queste prove, anziché scoraggiare i “Figli di Paolo”, contribuirono a renderli ancora piú determinati nella loro opera di evangelizzazione e di riforma. La loro prima “missione”, nella Repubblica di Venezia, fu il frutto proprio della seconda di queste “persecuzioni” (1537). E nel Veneto i primi “Paolini” (non c’erano solo i Barnabiti, ma anche le Angeliche e i Laici) convertirono molti giovani appartenenti all’aristocrazia locale. Anche qui, la loro opera incominciò a infastidire; si cercò di bloccarli e, in questo caso, con successo: nel 1551 furono cacciati dai territori della Serenissima e vennero denunciati all’Inquisizione come “eretici”, in quanto seguaci di fra Battista da Crema, a sua volta considerato eretico (ma già morto da oltre 15 anni). Probabilmente dietro l’espulsione dei “Paolini” dal Veneto si nascondevano anche motivi politici. Fatto sta che l’Inquisizione fece un’inchiesta; accertò che nella vita di queste giovani congregazioni c’erano alcune cose strane (secondo i criteri di giudizio tradizionali) e dispose che, se volevano sopravvivere, esse dovevano rientrare nei ranghi e assumere una fisionomia piú aderente ai modelli di vita religiosa che proprio in quegli anni si andavano delineando al Concilio di Trento. Qualcuno preferì abbandonare; ma la maggior parte dei Barnabiti, in spirito di obbedienza e di sottomisssione alla Chiesa, si adeguò al “nuovo corso”.
Il cardinale Carlo Borromeo, appena assunto l’incarico di Arcivescovo di Milano, si accorse subito di questa giovane comunità, fiutò le potenzialità nascoste di questi uomini pieni di fervore, e decise di farne i suoi piú stretti collaboratori nell’opera di riforma della Chiesa Milanese. Non fu l’unico vescovo che valorizzò i Barnabiti: qualche anno piú tardi il Vescovo di Ginevra Francesco di Sales si serví del loro aiuto nell’opera di preservazione della fede in una regione dove si stava diffondendo a macchia d’olio il calvinismo.
Se agli inizi i Barnabiti si dedicarono soprattutto all’opera di riforma attraverso la predicazione e l’amministrazione dei sacramenti, nel 1605 essi decisero di dedicarsi a un nuovo tipo di apostolato: la scuola. Gradualmente, questa sarebbe diventata l’attività principale dei Barnabiti, i quali però non abbandonarono mai il ministero pastorale diretto e non trascurarono altre forme di apostolato. È nel Seicento che si ebbero le prime fondazioni fuori d’Italia: Francia, Austria, Boemia. Nel Settecento il Papa inviò alcuni Barnabiti in missione in Cina e successivamente affidò loro l’incarico di evangelizzare la Birmania, un compito che i Barnabiti avrebbero svolto per circa un secolo.
Il Settecento è solitamente considerato il “secolo d’oro” nella storia della Congregazione: fu in questo periodo che essa raggiunse la sua massima espansione e il suo massimo splendore: stimati da sovrani e pontefici (basti pensare a Papa Lambertini, Benedetto XIV), ai Barnabiti venivano affidati incarichi di grande responsabilità (teologi di corte, direttori di seminari, ecc.). Essendo per lo piú impegnati nell’insegnamento, molti Barnabiti divennero grandi studiosi e scienziati. Alla soppressione dei Gesuiti, fu chiesto ai Barnabiti di subentrare nella direzione di alcune opere della soppressa Compagnia (si pensi al Collegio San Luigi di Bologna). Ma, come spesso accade, alla gloria succede l’umiliazione: la sorte che era toccata ai Gesuiti presto toccò anche ai Barnabiti; nel 1810 un decreto napoleonico soppresse tutti gli ordini religiosi. Fu la dispersione. Anche se la soppressione durò solo pochi anni (nel 1814 la Congregazione fu ricostituita a Roma; ma a Milano essa fu ripristinata solo nel 1825), quando essa rinacque era ormai decimata: solo alcuni risposero all’appello. Costoro, senza scoraggiarsi, cercarono di rimettere insieme quel che era possibile (la maggior parte delle antiche proprietà e attività erano andate irrimediabilmente perdute), e a poco a poco, durante l’Ottocento, riuscirono a ridar vita a una piccola, ma rispettabilissima Congregazione. L’attività principale in questo secolo fu l’educazione della gioventú: la maggior parte dei Barnabiti fu impegnata nelle scuole e nei convitti (Bologna, Moncalieri, Lodi, Firenze, Napoli, Genova, Milano); ma è in questo periodo che iniziarono i primi oratori (il primo in assoluto fu quello di Monza, preso a modello dallo stesso don Bosco).
Il Novecento è il secolo dell’espansione geografica della Congregazione: si comincia, nel 1903, con il Brasile; seguono, in ordine cronologico, l’Afghanistan (1931), il Cile (1946), l’Argentina (1947), gli Stati Uniti (1948), il Congo (1949), il Canada (1961), la Spagna (1964), la Polonia e le Filippine (1989), l’Albania (1996). Il Novecento è anche il secolo della ripresa numerica dei Barnabiti: l’apertura, nella prima metà del secolo, delle “scuole apostoliche” ha contribuito a far crescere in maniera sensibile il numero dei religiosi (ed è questo che ha permesso l’espansione di cui si diceva). Il Novecento è stato anche il secolo del Concilio Vaticano II, che ha significato un rinnovamento non solo per la Chiesa, ma anche per gli istituti religiosi, compresi i Barnabiti. Molte cose sono cambiate nella Congregazione dopo il Concilio (p. es., sono state fatte nuove Costituzioni, piú adatte ai tempi mutati). Ma il Concilio ha voluto soprattutto un ritorno degli istituti religiosi alle loro origini, con la riscoperta del loro “carisma”: anche i Barnabiti si sono messi al lavoro, la loro ricerca ha dato i primi risultati, ma non si è ancora esaurita. Gli anni successivi al Concilio sono stati anche gli anni della crisi delle vocazioni, per cui, soprattutto in Italia e nei paesi del cosiddetto “Emisfero Nord” si sta assistendo a un sensibile ridimensionamento delle comunità e delle attività; ma, in compenso, si sta assistendo a un nuovo fenomeno, quello dell’internazionalizzazione della Congregazione: ormai i Barnabiti non sono piú soltanto italiani, a essi si stanno affiancando religiosi delle piú diverse provenienze, in particolare latinoamericani, africani e asiatici.
Da qualche anno è iniziato un nuovo secolo e un nuovo millennio. Che cosa attende i Barnabiti? Il futuro è nella mani di Dio. Ma, nonostante le molteplici difficoltà che la Congregazione si trova ad affrontare, essa non demorde e continua nell’opera di espansione iniziata nel secolo precedente. È del 2003 la prima fondazione del nuovo millennio: il Messico. Si spera che a essa possano presto seguirne delle altre, cosí che il Vangelo e il carisma di Paolo e di sant’Antonio Maria Zaccaria raggiungano davvero gli estremi confini della terra.